Несмотря на то, что не так давно был утверждён список якобы официально принятого написания имён персонажей в переводе Kodansha (крупнейшее японское издательство), вопросов меньше не стало. Здесь мы попытаемся частично и наиболее адекватно раскрыть причины вариативности написания имён, а также предложить наиболее корректный, с нашей точки, зрения вариант.

Собственно, происходит это по нескольким причинам. Прежде всего стоит отметить то, что живущее за стенами человечество представляет собой "плавильный котёл наций", таким образом, имена его представителей могут иметь совершенно разное происхождение и как следствие - различное написание. Не стоит судить этот мир по реалиям нашего, где официальным международным языком на данный момент является английский. На наш взгляд, автор достаточно непрозрачно намекнул на то, что делает явный уклон в сторону немецких реалий. Соответственно, в тех случаях, где немецкие имена и фамилии были англифицированы, мы будем считать за официальное написание именно немецкий оригинал.
Другая причина возможных нестыковок в написании и звучании имён - их "японизированность". Японский алфавит и принципы написания/произношения довольно ощутимо разнятся с европейскими стандартами, что тоже следует учитывать.

В первую очередь мы постараемся пролить свет на истину в тех случаях, которые уже набили оскомину своей спорностью.

Eren Jäger/Эрен Йегер.

Собственно, что из себя представляет написание "Yeager"? – Это англифицированная форма немецкой фамилии Jäger/Jaeger, что в переводе с германского означает «охотник». Выбор в написании между Jäger или Jaeger факультативен, т.к. значение данных вариантов идентично (зависит от того, желаете вы сократить один звук до одной буквы или вам не хочется мучиться с написанием слова, в коем присутствуют символы, которых может не оказаться на вашей клавиатуре). Как уже ранее говорилось, в подобных случаях мы будем придерживаться канонов языка оригинала (немецкого). Английский здесь ни к селу. Равно как и японский.

Mikasa Ackerman/Микаса Акерман.

Аккерман звучит несколько нелепо. Одна из парных согласных в подобных случаях отсекается. Вы ведь не стали бы обозначать фамилию «Black» как «Блэкк», верно?

Annie Leonhardt/Анни Леонард.

Леонхард? Вообще-то она Леонард, но назвать её так язык не поворачивается, правда? Звучит непривычно, потому что мы воспринимаем «Леонард» как имя, а не фамилию. Однако в переводческих принципах передачи антропонимов теперь отдают предпочтение транскрипции, а не транслитерации (сейчас Einstein читался бы как Айнштайн, предполагая позвуковую, а не побуквенную передачу). В немецком же языке «h» читается только в составных словах (например, freiheit – фрайхайт:  слово «фрай» отдельно существует как прилагательное, но при помощи суффикса «хайт» из него делают существительное. «Хайт» - суффикс указывающий на женский род и «х» в нём всегда читается. Но это определённо не наш случай). Фамилия Leonhardt происходит от древневерхненемецкого levon (лев) и hardu (храбрый), последняя «т» практически не звучит и потому при переводе отсекается. Имя Анни тоже существует в немецком языке (однако происхождение у него еврейское); Энни – английское его звучание, следовательно, данный вариант прочтения и написания здесь неуместен.

Bertholdt Huber/Бертольд Хубер.

«Hoover» - это всё та же англификация. На этот раз ей подверглась немецкая фамилия «Huber». Что до имени, в немецком разницы в произношении «t» и «th» нет (если только «h» не принадлежит другому слогу, как уже упоминалось выше в контексте составных слов), поэтому некоторые слова, раньше писавшиеся через «th», впоследствии эту «h» потеряли. Словом, в русском он всё-таки Бертольд, а не Бертхольд.

Irvin Smith/Ирвин Смит.

«Irvin» и «Erwin», фактически, являются различными вариантами одного имени, имеющего древнешотландские корни и читающегося в английском по сути своей одинаково – [ɜːvɪn]. Фамилия Smith также недвусмысленно намекает на происхождение американское или английское. Таким образом, сличив статистику, мы пришли к выводу, что вариант Irvin в Британии и Америке намного частотнее, чем Erwin, к которому больше прибегают в других странах. Поэтому не обессудьте, но у нас это будет Ирвин, а никакой не Эрвин, что также исключает путаницу в схожести имён Эрвин/Эрен и различные неуместные вариации, вроде Элвинов с бурундуками.

P.S. Занятно, что на англоязычном сленге «Ирвин» означает «офицер полиции».

Levi/Левий.

Именно Левий - в связи с русскоязычным стандартом традиционного перевода данного имени. Возможна библейская отсылка, в связи с тем, что имя означает "joining", "присоединяющийся". Собственно, к разведывательному легиону он присоединился изначально не совсем по своей воле, но трудно переоценить значимость данного "союза". Допустимые (но нежелательные для использования на нашем форуме) варианты: Леви или Ливай (как при переводческом транскрибировании с английского, т.к. происхождение имени немецких корней не имеет). Но японизированное «Рибаи» и не пойми откуда взявшееся «Райвель» я настоятельно рекомендую забыть, как страшный сон.

Zoe Hange/Зои Хенч.

С этой аномальной проблем, как всегда, было в достатке. Мы привыкли звать её Hanji Zoë, но, как показала практика, данный вариант оказался ошибочным.
Американская перепись 1860-1940х годов недвусмысленно намекает на то, что фамилия «Hanji» существовала (и, вероятно, продолжает существовать), часто использовалась в сочетании с вполне себе английскими именами, но, тем не менее, имела японское происхождение. Мало того, что японский здесь не к месту (так как по сути Микаса – последняя азиатка), вдобавок «Hanji» - фамилия, а не имя.
То же относится и к «Hange» (читается как «Хенч» уже хотя бы потому, что мы не можем писать «джь», а «дж» противоречит более мягкому произношению). Варианты написания – «Hench», «Hentsch». Фамилия имеет швейцарские или, опять же, изначально немецкие корни.
Ещё раз подчеркну, что это фамилия, заодно опровергнув данные сведения. В немецком языке нет имени Ханзи (Hansi), есть мужское имя Ганс (Hans). И единственное, что, на мой взгляд, могло натолкнуть авторов статьи и перевода манги на подобное заблуждение, это псевдоним немецкого певца.
Имя четырёхглазой в японском звучит как «Дзо», в немецком - «Зо». «Зоэ» можно оставить на совести разве что поляков, итальянцев и частично французов (по приведённым далее ссылкам можете самостоятельно прослушать звучание имён Zoe и Zoë). Таким образом, надобность в умлауте «ë» отпадает всецело. При переводе остановимся на наиболее распространённом варианте «Зои» (в «Зоуи» всё же имеет место литеральная избыточность). К слову, имя изначально греческое, означает «жизнь, живая», что ей, вне всяких сомнений, подходит.

P.S. Зои – женское имя, без вариантов. Поэтому странно, что ранее находились (и до сих пор находятся) сумасшедшие, сомневавшиеся в её половой принадлежности. Вывод очевиден. 

Sasha Braus/Саша Браус.

Написание «Blouse» можно охарактеризовать так: перемудрили. Тот факт, что в японском алфавите нет буквы «l», вовсе не означает, что во всех фамилиях, где звучит «р», следует заменять её на «л» при написании латиницей. «Blouse» в первую очередь значит «блузка». Саша Блузка. Ничего не смущает? 
«Braus», между тем, немецкая фамилия.

Christa Renz/Криста Ренц.

Потому что я так сказал. Однако небезосновательно.
«Krista» и «Christa» - те же яйца, только в профиль, но второй вариант отсылает нас к «Christus», что, несмотря на отсутствие христианства, подразумевает некий намёк на церковь, хранящую тайны стен. Ренц - немецкая фамилия; Ленц же ассоциируется у меня разве что с ленцой в выходные дни. Криста Ренц созвучно с Хисторией Райсс, в то время как Криста Ленц уже теряет свою изюминку.

Ymir/Имир.

Здесь у меня невольно возникает каверзный вопрос на засыпку: какая к херам Эмир, Юмир и прочие черти? Имир в контексте отсылки к скандинавской мифологии (к примеру, замок Утгард, где ей по иронии судьбы пришлось раскрыть свою «тайную сущность») приобретает весьма однозначный смысл, написание и произношение.

Mike Zacharias/Майк Захария.

Просто потому что никаких Закариусов/Захариусов/Закариев в природе не существует. Споров не приемлю. Баста.
Имя "Мике" не существует пишется иначе. Возможна, как и в случае Левия, библейская отсылка.

Oluo Bossard/Олуо Боссард.

К несчастью или к великой радости, подтвердить существование имени «Oluo» куда проще, чем существование таких монстров, как «Auluo», «Oruo», «Auruo» и т.п. Что такое «Bozado» науке тоже неизвестно.

Eld Gin/Эльд Джин.

Потому что зацвели гладиолусы и звёзды на небе сложились так, что нынче луна в Альдебаране. Если же серьёзно, в случае данного возможны некие скандинавские веяния, а фамилия персонажа всё-таки недаром в экранизации звучит как «Джин», а не «Гин». Этот нюанс японцы, вероятно, всё же учли бы.

Jel Sanes/Джел Санес.

Собственно, здесь всё просто. Есть имя "Jel", но нет имени "Djel". Видно, кто-то попросту не знал, как передать данное имя латиницей при переводе с японского. Кто-то не знал - мы знаем.

В довершение хочу извиниться за лингвистическую тавтологию и подчеркнуть, что мне самому пришлось долго плеваться, чтобы сломать свои принципы. Потому что заявлять «мне так больше нравится» и «так благозвучнее», оправдывая тем самым свою неграмотность, есмь признак ущербности.

Список будет пополняться по мере поступления новых казусов, появления у меня свободного времени и новой информации для корректного обоснования вышеизложенной информации.

Спасибо за внимание.